肛门上方骨头疼痛，可能是肛周脓肿引起。肛周脓肿是肛周软组织和间隙，受到细菌感染导致的疾病，会造成肛门局部疼痛剧烈。有些人误以为是骨头疼痛，触摸局部的皮肤升温，还会引起发烧等相关的症状。
也有可能是直肠肿瘤引起，由于肿瘤会对肛门周围的组织造成浸润，也可放射到肛门上方的骨头，引起局部疼痛。还会表现为排便异常、排出脓血便、大便次数增多、贫血等相关的症状。
排除上述的原因，也考虑是有过外伤史，造成骨骶尾韧带出现损伤导致的疼痛。