甲减在临床上区分为原发性的甲减和继发性的甲减，它们的病因是完全不同的。对于原发性的甲减多是由自身免疫所导致的，自身免疫性疾病最常见的就是自身免疫性甲状腺炎，包括桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎等。
临床上可以见到很多桥本甲减的患者，甲减是甲状腺产生激素过少或者甲状腺激素利用障碍而导致的低代谢疾病，除了自身免疫所导致的原发性甲减之外，包括甲状腺手术、放射性碘治疗、以及颈部放疗等，都可以破坏甲状腺而出现甲减。
继发性甲减是由于下丘脑或垂体的病变引起的甲减。