蹄铁形肾的发病原因是肾脏的发育出现了异常。蹄铁形肾是先天性肾脏畸形的一个类型，肾脏畸形是因为在肾脏的发育过程中出现了缺陷导致的。故导致蹄铁形肾最主要的发病时期就是胚胎时期，在肾脏形成的主要时期受到了有害因素的干扰，导致肾脏没有按正常的程序去发育。
患者出现肾脏畸形主要见于孕妇怀孕的早期，此时期是体内重要器官的形成时期，故孕妇在怀孕的早期一定要避免受到各种有害因素的干扰，预防器官畸形的发生。