新生儿空肠闭锁是一种严重的先天性遗传性疾病，预后取决于肠道闭锁发生的部位以及诊断、治疗是否及时。如果诊断、治疗不及时，很容易出现病情恶化，死亡率比较高。
随着现代医学的发展，早期诊断及早期手术治疗、护理条件的改善、肠内营养及呼吸机的应用，空肠闭锁的治疗效果逐步升高。
本病一旦确诊，需要立即行手术治疗，越早手术治疗，发生肠坏死的可能性就越低，那么手术的成功率就越高。如果不能及时手术，需要给予补液、营养治疗，然后根据病情进一步处理。