肾囊肿主要是依靠B超或CT等影像学的手段进行确诊。B超可以检查出肾脏中囊肿的大小、个数以及囊壁的情况，对于诊断肾囊肿，以及排除肾实质性肿块等其他疾病有着重大的意义。
典型的囊肿区B超表现为无回声、囊壁光滑、边界清楚。但如果同时伴随感染、恶变等其他情况，则也会出现囊壁增厚、不规则回声，或局限性回声加强等相对应的B超表现。
对于怀疑肾囊肿，但是B超结果并不明显的患者，则可以进一步进行CT检查从而明确诊断。