两者的区别在于蛀牙专业名词表述为龋齿，蛀牙和牙菌斑是两个完全不同的概念。
蛀牙即龋齿，是一种牙体疾病的表述，而牙菌斑是生物学名词，它是一个沉积于牙面，或者修复体表面的细菌性斑块，不代表任何一种疾病。
两者的联系在于牙菌斑的存在是龋病发生的基础。牙菌斑中的细菌及其代谢产物会造成牙体组织的有机物分解和无机物脱矿，从而造成龋洞形成，造成牙体组织缺损，形成龋齿。其中与龋病发生和发展相关的细菌，主要是变异链球菌、乳酸杆菌和放线菌属等。