没有什么方法可以让巧克力囊肿自愈。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是由于子宫内膜异位到卵巢上，在来月经期间异位的子宫内膜会脱落、出血形成巧克力囊肿。
但是囊肿每次在来月经时都可能会出现增大，甚至还存在破裂的可能性，也存在每次月经后缩小的可能性，但是不可能自愈。
患有巧克力囊肿后，需要根据囊肿的大小、生育要求决定治疗方法。如果囊肿比较小，女性没有生育要求，可以继续观察。如果有生育要求，囊肿比较大，有明显的症状出现，需要及时的进行手术。