儿童中毒性细菌性痢疾药物治疗管用。但是每个患者的临床表现不同，可能使用药物的种类也有所不同。
假如患者持续惊厥，可能需要给予注射抗惊厥的药物，同时需要联合选用两种或两种以上对痢疾杆菌较为敏感的抗生素。症状较为严重时，还需要加用肾上腺皮质激素类的药物给予抗炎。
如果出现了脑水肿以及呼吸衰竭时，需要保持呼吸道的通畅，并且使用甘露醇降颅压，减轻脑水肿的症状。呼吸衰竭较为严重时，需要及时地使用呼吸机，加强呼吸道管理，避免继发细菌感染引起呼吸机相关性肺炎。