直肠闭锁是一种先天性的疾病，因此好发于新生儿。
先天性的直肠闭锁是一种低位的消化道畸形，是由于胚胎时期，肠道在管化的过程中，停止发育而引起的。先天性的直肠闭锁发病的具体机制，尚未完全明确，但可能与怀孕时接触有毒的化学性或放射性物质、营养不良、遗传因素以及精神、心理因素等有很大的关系。
先天性的直肠闭锁一经确诊后，应该及时手术治疗，否则可能会因为肠梗阻，引起恶心、呕吐、食欲不振、腹痛腹胀等症状，身体会产生巨大的消耗，甚至导致死亡。