牙肉突出可以采取观察、药物治疗、手术治疗等多种方式处理。
1.观察。牙肉突出可能是牙龈的生理性增生肥厚，或者是颌骨牙槽骨的过度发育所致。在没有引起疼痛肿胀，且没有影响患者的正常生活的情况下，可选择继续观察。
2.药物治疗。冠周炎、牙龈炎、牙龈脓肿等疾病引起牙龈的肿胀、看起来就是有一块牙肉突出。这种由炎症引起的牙肉突出可以进行药物治疗，如氯己定漱口液、西地碘含片、碘甘油等，从而快速抗炎消水肿，使肿胀的牙龈恢复正常。
3.手术治疗。牙龈息肉所引起的息肉样改变和牙龈瘤所引起的瘤样改变都可表现为牙肉突出，在常规药物治疗无效的情况下，可以采取牙龈息肉切除术、牙龈瘤切除术。