新冠病毒变异会对疫苗的有效性产生影响，但是其影响大小与变异特性有关。
如果变异后的新冠病毒变异特性与母体变化较小，则变异后的新冠病毒与母体存在免疫交叉的特性。新冠病毒疫苗对变异后的新冠病毒依然具有预防效果。
如果变异后的新冠病毒变异特性与母体差异较大，新冠疫苗所识别的免疫性靶点产生明显改变，则会导致疫苗失效，或者新冠病毒变异后会产生抵抗新冠病毒抗体的特性，也会对新冠疫苗效果产生影响。