自身免疫性肝病包括自身免疫性肝炎、原发性胆汁性胆管炎、原发性硬化性胆管炎、IgG4相关的胆管炎以及自身免疫性胆管炎。
另外，还包括重叠综合征，也就是两种自身免疫性肝病同时存在。最常见的是自身免疫性肝炎与原发性胆汁性胆管炎两个病重叠。另外，自身免疫性肝炎根据不同的抗体阳性又分为两型，分为自身免疫性肝炎Ⅰ型和自身免疫性肝炎Ⅱ型。
Ⅰ型自身免疫性肝炎常表现为抗核抗体阳性或者平滑肌抗体阳性，或者肝可溶性抗原抗体阳性。Ⅱ型自身免疫性肝炎常表现为肝肾微粒体Ⅰ型阳性或者肝细胞溶质抗原Ⅰ型阳性。