治疗甲状腺癌主要的方法有手术、内分泌治疗、放射性碘治疗、外放射治疗、化疗、靶向治疗等。不同的患者、不同的病理类型、不同的分期，治疗方案存在差异。
外科手术切除是最主要的治疗手段。具体的手术方式需要充分地评估患者的情况以及肿瘤的大小、病理类型、分期等情况，要选择适合患者本人的手术方式。内分泌治疗在治疗乳头状癌、滤泡癌和髓样癌的效果比较好。
晚期甲状腺癌的患者可以考虑行靶向药物治疗，外放射治疗、化疗多用于甲状腺未分化癌的治疗。