感冒后流清鼻涕，最主要的原因是病毒感染所致。
病毒一旦入侵上呼吸道之后，会使鼻腔出现水肿、充血的现象。病毒性感染的显著特点是引起的炎性渗出物比较清亮，所以鼻涕会类似清水一样。此外，还会伴随咳嗽、咽痛、打喷嚏、鼻塞、肌肉酸痛等，属于病毒感染的正常反应。
在不合并细菌感染的前提下，多数免疫力正常的患者7天之后都能够自愈。因此，流清鼻涕也会随着感冒病程结束得到有效改善。
从中医角度，这种情况也见于风寒感冒。如果长时间流清鼻涕，并且伴随频繁打喷嚏、流眼泪、眼部不适等，也有可能是过敏性鼻炎所致。