通过口服药物治疗眼眶囊肿，大多无法起到很好的效果。
如果患者眼眶囊肿的病情有所发展，引起眼部的相关炎症，则可以视情况给予相应的抗炎类药物控制感染，例如氧氟沙星、罗红霉素等。而眼眶囊肿的治疗，一般没有特效的药物，需要采取手术切除的方式才能够彻底治疗本病。
尤其是当眼眶囊肿逐渐增大，对眼部结构造成挤压的风险，需要及时明确其性质、位置、大小等具体情况进行切除治疗。手术切除后可适当服用抗生素药物，以防止术后感染。