梅毒和生殖器疱疹的区别在于，两者的病原体、症状、治疗方案等均不同。
梅毒是由梅毒螺旋体感染的一种性传播疾病，感染后可以根据梅毒的分期不同，而表现出不同的临床症状。感染后可以分为一期梅毒、二期梅毒和三期梅毒，各期的临床症状各不相同。梅毒感染后可以进行驱梅治疗，疾病是可以痊愈的，临床上首选青霉素进行驱梅治疗。
生殖器疱疹的病原体是单纯疱疹病毒，是一种性传播疾病，表现为生殖器部位出现水疱、皮疹、疼痛等症状。生殖器疱疹病毒可以应用阿昔洛韦、泛昔洛韦等抗病毒治疗。