胚胎停止发育的处理分以下几种：
1.如果发生胚胎停止发育，应该行刮宫术或者是药物流产，术前应该化验凝血系列、血常规及血小板计数。如凝血功能正常，子宫<12孕周者可以直接行刮宫术，子宫≧12孕周者可使用米非司酮加米索前列醇，使胎儿胎盘排出，必要时再使用清宫手术。如果凝血功能障碍，应尽早输的入新鲜血、血浆、纤维蛋白原等，凝血功能好转后再行刮宫术。
2.对于反复出现胚胎停止发育的患者：
①在下次怀孕前夫妻双方应该进行染色体的检查，除外染色体异常。
②有粘膜下子宫肌瘤的应该行宫腔镜下摘除术，纵膈子宫、宫腔粘连的应该在宫腔镜下行纵膈切除术、粘连松解术。
③如果已经怀孕，化验抗磷脂抗体阳性的患者，应该在怀孕后使用低分子肝素皮下注射或加用小剂量的阿司匹林；黄体功能不全者应该肌肉注射或者口服黄体酮。