疱疹性咽峡炎是由病毒感染引起的，在治疗上首先要给予抗病毒的药物，还可以使用具有清热、解毒功效的中成药。比如蒲地蓝消炎口服液、开喉剑口腔喷雾等。
本病常可导致发热，除了上述药物以外，还可以使用解热、镇痛的药物对症治疗。
疱疹性咽峡炎具有一定的传染性，家长在日常护理中也需要注意，对孩子使用过的餐具、杯具要进行消毒。家长不可随意亲吻孩子，患者要注意口腔卫生，多饮水，避免到人群密集的公共场合，以免引起传染。