慢性肺炎通常没有必要进行手术治疗，只有出现肺源性心脏病或者脓气胸时，可以选择手术治疗，进行肺脏或心脏移植手术，或手术脓液引流治疗。
慢性肺炎，通常根据不同的病原菌选择不同的药物治疗。通常肺炎链球菌感染，选择青霉素g治疗；肺炎克雷伯杆菌，选择氨基糖苷类如庆大霉素治疗；金黄色葡萄球菌，选择半合成青霉素或头孢菌素类治疗；对于支原体肺炎、衣原体肺炎、军团菌肺炎，通常选择大环内酯类药物如红霉素、罗红霉素、阿奇霉素等治疗；对于病毒性肺炎，通常选择抗病毒治疗如阿昔洛韦、利巴韦林等。
出现慢性肺炎时应及时治疗，避免出现脓胸、肺源性心脏病等严重后果。