要确诊梅克尔憩室病，首先要看患者的症状。没有症状的梅克尔憩室不好诊断，因为患者往往不会到医院就诊。如果患者出现了不明原因的肠套叠、肠梗阻，出现呕吐、腹胀等，严重的时候还有柏油样的大便，部分憩室炎的患者可能有右下腹的疼痛。这个时候就应该考虑到憩室病的可能性。
体格检查往往患者会有右下腹的腹肌紧张、压痛及反跳痛的腹膜炎体征。如果有肠套叠，可以做钡灌肠检查明确诊断。如果没有肠梗阻，可以做消化道钡餐造影确诊。
憩室内有异位胃黏膜的患者可以做核素扫描检查，敏感性和特异性相当高。一般通过上述这些就可以确诊梅克尔憩室。