同房后肚子不舒服有可能是在同房过程中动作比较剧烈，引起子宫不协调收缩导致的，往往在休息后会得到缓解。
另外，如果女性患有妇科疾病时，也会引起同房后肚子不舒服的情况发生。比如盆腔炎、子宫内膜异位症等，都会在同房后出现不适感。
盆腔炎会使盆腔内组织的弹性下降，同房时盆腔充血或是盆腔内有粘连等，在同房的刺激下，都会引起肚子不舒服的症状。如果不适感比较明显，最好去医院进行检查排除生殖器官病变的可能，治疗后症状就会有所缓解。