甲状舌骨囊肿与瘘的治疗主要以手术为主，如果患者还伴有炎症，应在炎症消退后再进行手术，手术治疗的方法主要有Sistrunk术、扩大Sistrunk术、激光囊肿切除术。
甲状舌骨囊肿与瘘主要是由于在胚胎发育的第八周，甲状舌管未完全退化造成，甲状舌骨囊肿与瘘不仅会导致喉部出现红肿、疼痛的情况，而且在形成瘘道后还有可能会有黄色分泌物排出。
如果不进行及早治疗，很有可能会发生癌变；如果患者已经发生了癌变，还需要针对癌症进行手术、放化疗等治疗。