食用新鲜银耳通常导致中毒的可能性不大，但是仍然对于新鲜的银耳要注意烹饪方法。在使用时选择食材的时候，选择新鲜银耳的顶部，尽量不要选择底部，因为底部有黄色的蒂。
银耳蒂通常会含有不同程度的细菌，尤其在晾晒不完全彻底充分的时候，银耳的蒂中可能会含有一定的细菌、病毒或其他病原微生物，在烹调时要注意将其摘除干净。
另外，在烹饪新鲜银耳的时候要进行浸泡。浸泡完毕后要进行高温加热，煮沸、煮熟以后再进行食用，才不会导致食物中毒。