肛周脓肿分为非瘘管性脓肿和瘘管性脓肿。
非瘘管性脓肿不与肛内相通，脓腔的位置一般比较表浅，可自行破溃，破溃后脓腔很快就会被结缔组织和肉芽组织填满，从而愈合，这种脓肿可不用手术治疗。
而瘘管性脓肿的脓腔与肛内相通，内口存在肛隐窝处，即使脓腔能自行破溃，而内口却没有愈合，感染会反复发生，从而使脓肿反复发作。
所以瘘管性的肛周脓肿必须行手术治疗，术中将内口准确找到，行挂线处理。在内口愈合后，肛周脓肿才能完全治愈，而且不会复发。