1.鞍区的脊索瘤需与全身其他肿瘤，如颅咽管瘤以及垂体腺瘤相鉴别，它们不引起广泛的颅底骨质的破坏，颅咽管瘤CT上可见囊壁有弧线状或蛋壳样钙化，通常不引起邻近骨质破坏，前者可以出现。
2.如果鼻咽部颅底的脊索瘤向前下长入咽腔，他的临床症状和影像学表现与向颅底转移的鼻咽癌相似，可以依靠鼻咽部的穿刺活检。
3.假如脊索瘤向后颅窝生长，特别是突向侧后方时，应与桥小脑角的听神经瘤相鉴别，磁共振常有助于鉴别诊断。
4.脊索瘤还应该与脑膜瘤相鉴别，脑血管造影常见脑膜供血动脉增粗，有明显的肿瘤染色，所以要重点区别。