卵巢囊肿不治疗有可能癌变，尤其是肿瘤生长迅速，尤其是双侧性应考虑癌变可能，应尽早手术。一般生理性囊肿观察2-3个月，如果不消失或增大，需要尽早手术治疗。
如果是炎性积液需要给予抗生素配合盆腔理疗进行治疗，如果是子宫内膜异位囊肿，恶变几率为1%，也应积极手术治疗。一般卵巢囊肿大于5cm，需要尽早手术治疗。
如果是良性囊肿，有生育要求或者比较年轻，可以选择腹腔镜下卵巢囊肿剥除术，手术创伤小，恢复比较快。如果囊肿不治疗，囊肿增长的比较大，即使不癌变也会增加手术的难度，所以一定要尽早的治疗。