胆囊摘除后有可能会产生后遗症，包括消化不良、胆汁反流性胃炎以及乳化胆总管结石，也可能会导致患者出现结肠癌。
患者出现消化不良与胆汁持续排入胆道肠道有关，此时有可能会导致患者出现腹胀、腹泻以及消化不良。出现胆汁反流性胃炎是因为胆汁持续进入肠道以后，有可能会反流至胃。出现乳化胆总管结石是因为胆囊切除，会影响胆汁的浓缩，因此有可能会形成胆固醇的结石。
患者的胆汁持续排入肠道以后，有可能会刺激结肠黏膜发生癌变，导致患者出现结肠癌。