绝大部分的先天性肝囊肿没有任何症状。
肝囊肿的本质是肝脏内形成的小水疱。10%左右的人群肝脏里都存在肝囊肿，但是单个的肝囊肿并没有任何影响，也不会表现出任何症状。只有在肝脏多发性的肝囊肿，如先天性多囊肝才会因为囊肿不断增大增多而逐渐占据整个肝脏，会出现上腹部饱胀不适、恶心，甚至右上腹腹痛的症状，到最后出现慢性肝功能衰竭的情况。
对于正常人肝脏里有少数几个囊肿并没有太大影响，也不需要特殊处理。只有当囊肿过大，直径超过5cm时，可以采取穿刺将囊肿里面的液体抽取来治疗。