上完厕所肛门疼是以下原因可能性比较大：
1.痔疮。在痔疮急性炎症期，解大便的时候会对痔疮产生一定的刺激。特别是大便比较干燥的时候，解完大便内痔会脱出肛门之外，会引起明显的疼痛感。可以在排便之后用手辅助将痔疮回纳，缓解疼痛。
2.肛裂。在大便非常干结或者反复便秘，排便困难的时候，大便会导致肛门部撕裂样的疼痛，在便后过一段时间才会慢慢缓解。
3.如果肛门部出现肛瘘、肛周脓肿等疾病，由于排便的刺激也会导致疼痛加重。