肠道菌群失调首先可以从饮食上进行调理，饮食一定要清淡易消化，不可以吃辛辣刺激、油腻以及过于坚硬的食物，可以适当地吃一些米粥、蔬菜汤、果汁、香蕉、蜂蜜等，既可以增加营养而且还可以补充水分，防止脱水的发生。
其次，需要从药物上进行调理，一般是选择口服一些益生菌类的药物，例如双歧杆菌三联胶囊、乳酸杆菌等，能够调理肠道菌群失调。
另外，应该从运动上进行调理，平时多参加一些体育锻炼，可以促进胃肠道蠕动，增强体质，改善肠道菌群失调的情况。