处方药和非处方药的首要区别是购买方式不同，非处方药物可根据症状或者个体需求自行到药店购买，更有甚者对甲类非处方药可以在超市内销售。
较为常见的非处方药物是感冒、止咳药物、含片等。感冒早期如果尽早自行购买非处方药物治疗，可获得满意的治疗效果。而处方药物需要持有临床医师处方签才能够购买，药店里理论上不应根据需要提供。
另一区别是药物安全性以及副反应有一定区别。非处方药物相对较为安全，并且用药后副反应少见。而处方药根据个体疾病针对性给药，用药后副反应相对较大，但是用药后个体化的药物效果可能较好。