口腔细菌去除的方法是认真细致地刷牙，以及养成持之以恒的刷牙习惯。
口腔内的微生物可以附着在牙面上形成牙菌斑，牙菌斑可以造成龋齿发生，也可以因为钙化造成牙结石，刺激牙龈缘引发牙龈病以及牙周病。所以，保持口腔卫生清洁，认真细致地刷牙以及正确地刷牙，是保持口腔健康的有效手段。
对于有口腔疾病的人群，可以在医生的指导下应用含有抗菌成分的漱口水含漱。但对于普通人群的保健工作，用清水漱口即可。