结膜炎要想根治，主要需要明确具体的病原菌，同时使用相应的药物进行治疗。
一般细菌性和病毒性的结膜炎不容易反复出现，而过敏性结膜炎容易在春季反复发作，主要由于过敏性结膜炎好发于过敏体质的患者，而春季的时候花粉较多，因此容易导致患者反复出现过敏。针对于过敏性结膜炎，首先需要避免再次接触过敏源，同时使用抗过敏的药物进行相应治疗。
而细菌性的结膜炎患者，可在发病早期时频繁的用抗菌眼药水，待症状缓解之后，减少用药的滴数。病毒性的结膜炎一般除了需要积极治疗全身的病毒感染之外，局部还要使用相应的抗病毒眼药水或者眼药膏进行治疗。