眼药水滴多对眼睛存在一定副作用，尤其是容易破坏眼内的环境，在某种程度可能会降低眼睛对某些致病菌的抵抗力。因此，某些眼药水是不建议长期滴用的。
尤其是激素类的眼药水，有可能会造成眼压的升高，长时间滴用形成药物性的青光眼，对视力有可能会造成永久性的损害。
有两种情况特殊，需要长期滴用眼药水，一种是青光眼患者，需要长时间滴用降眼压的药物，来稳定眼压在正常范围内。一种是人工泪液滴眼液，尤其是不含防腐剂的滴眼液，对于严重的干眼症患者，是需要长期滴用缓解眼睛的不适。