青春期发育迟缓分为男性和女性。对于男性的青春期发育迟缓治疗因病因不同而不同，一般轻度延迟，不必治疗，而重度者可用短程的一个低剂量睾酮治疗。而生长激素和芳香化酶抑制剂的疗效仍未确定。
青春期生长障碍的主要治疗方法是生长激素，gnrh类似物和选择性的芳香化酶抑制剂。芳香化酶抑制剂可抑制男性体内的雌激素生成，增加睾酮水平。新一代芳香化酶抑制剂如阿那曲唑，具有促进生长的良好作用，如能在最适窗口期合理应用，可治疗由于gh缺乏特发性矮小症，睾丸中毒症或其他原因所致的生长障碍。
对于女性青春期发育迟缓。一般体制性原因不需要药物治疗，但要解除儿童及家长的顾虑和担心，可以应用性激素短程疗法，诱导青春期的发育，如果病因能够去除者，以病因治疗为主，如手术切除肿瘤，积极治疗全身性疾病，改善营养状况等。