甲状舌骨囊肿有微创手术，但是这类的微创手术，不管是在国外还是国内，还处于刚起步的阶段，只有极个别的医疗机构、个别的专家在尝试。
所谓微创手术就是在内镜引导下通过小切口或者隐蔽切口进行，比如尝试通过颌下切口，甚至从口底切口进行这种微创手术的操作。因为这方面的手术仍然处于探索和摸索阶段，还不是很成熟，也有些相应的问题，现在还难以推广或者大面积展开。这种内镜引导下的手术也会有相应的问题，比如需要在皮肤下面潜行剥离的范围比较大，术后虽然没有手术切口和手术瘢痕，但是手术的恢复，包括在出血和根治性方面还不是很稳定。现在还没有长期的大样本的随访观察资料，还需要进一步摸索。
对于甲状舌骨囊肿，常规手术方法是在颈部做切口，把甲状舌骨囊肿连同周围的一部分组织完整切除，能够起到根治囊肿的作用。这种手术本身创伤也不大，但是会在颈部遗留一个手术切口和手术瘢痕。