肠瘘是一个比较复杂、难治的疾病，会引起各种症状，治疗不及时还会造成症状的加重，危及生命。
出现肠瘘时会伴有感染，感染加重会造成败血症引起多器官功能障碍，还可发生感染性的休克甚至胃肠道大出血。发生肠瘘时，早期可以先用禁饮食持续胃肠减压。同时可以进行静脉补液、抗感染等治疗，纠正酸碱失衡及电解质紊乱。
如果经保守治疗没有好转的或者经常反复出现的肠瘘，则需要进行手术治疗，切除瘘道，从而达到治愈的目的，以免造成复发的情况。