在临床上治疗尖锐湿疣的原则：
第一，尖锐湿疣患者可同时合并其他性传播性疾病，因此，治疗前应检查有无其他的疾病，尤其是梅毒与淋病。
第二，治疗尖锐湿疣前，应先治疗局部的其他感染，因局部炎症使尖锐湿疣更易扩散。
第三，不应采用毒性大的药物或遗留瘢痕的治疗手段和方法。
第四，可在生殖器部位外涂5%的醋酸，以使亚临床感染变得更明显，特别是阴道镜下应用这种方法有助于发现亚临床感染。
第五，患者配偶与性伴侣若有尖锐湿疣或其他性传播性疾病，应同时治疗，治疗期间避免性生活。