肉孢子虫病症状轻微的无需治疗，重症患者可用驱虫等药物治疗。
肠型肉孢子虫病选择磺胺嘧啶、复方新诺明、吡喹酮治疗；肌肉型肉孢子虫病可用抗球虫药物。其它对肉孢子虫也有抑制作用的药物，比如土霉素、莫能霉素及伯氨喹等。
疾病严重时，应禁食。恢复以后多吃清淡、易消化的饮食。避免刺激性食物，不生吃肉类、不吃未煮熟的肉类、不能饮酒。
养成良好的清洁习惯，保持手的清洁。注意饮食卫生和个人卫生，做到饭前、便后要洗手。