生理性的卵巢囊肿绝经后是会自然消退，也就是会自愈。但对于绝经后的卵巢囊肿持续存在，甚至有增大，就不考虑生理性的。一般还是建议行手术治疗，要避免卵巢囊肿恶变的可能。
因为卵巢上的包块的分类是最多的，虽然卵巢的囊肿在超声下或者是检查中可见其有明显的分界。一般囊肿增长速度也不快，肿瘤的标记物等检查大部分是正常。但还是很难与早期的暖巢的恶性肿瘤鉴别，甚至与快要绝经时的生理性囊肿也很难鉴别，而且绝经期年龄是卵巢恶性肿瘤的高发年龄。
所以对卵巢的囊肿一般都需要积极的处理，主要是需要避免耽误病情，导致卵巢的恶性肿瘤没有及早的处理。