甲状腺功能减退症的患者本身不会引起喉咙不舒服。如果甲状腺功能减退症的患者同时合并有一些大的结节，这时结节可能压迫喉部、颈部，导致喉咙不舒服，这是可以的。所以发生甲减的患者，如果出现喉咙不舒服，应该做一个甲状腺的超声，看一下甲状腺是否有结节，结节的大小以及结节的性质，对患者的治疗至关重要。
引起喉咙不舒服的疾病很多，包括急性咽炎、慢性咽炎、上呼吸道感染、急性化脓性扁桃体炎、慢性化脓性扁桃体炎，都可能导致喉咙的不舒服，同时颈部还有很多淋巴结。
如果出现颈部淋巴结的一些肿大，包括由于结核或者是肿瘤导致的淋巴结肿大，都可能压迫喉部，造成不舒服。如果甲减的患者持续出现颈部喉咙不舒服，应该到五官科、内科详细的诊断。