曲霉球手术后会出现部分后遗症。曲霉球是真菌寄生于肺部引起的，可能出现咯血等临床表现的疾病，手术治疗是唯一可以根除曲霉球的治疗方法。
曲霉球手术后的后遗症包括胸膜瘘、手术切口感染，以及部分肺组织切除引起的肺功能下降等。除此之外，曲霉球多发生于存在肺部基础疾病的患者，因此，曲霉球切除后仍然存在着复发的风险，患者应该做好防护工作，尽可能避免接触大量花粉、柳絮等物质。
如果患者存在较严重的基础疾病，不可耐受手术或者是不愿手术，可以使用两性霉素B、伏立康唑等抗真菌药治疗。