肾积水的治疗以去除病因为主，临床上导致肾积水的原因有很多，比如泌尿系结石，泌尿系的很多部位都可以发生结石，比如肾脏、输尿管。肾结石的患者以排除结石为主要目的，小的尿结石以利尿解痉为主，比较大的尿结石可能需要进行手术治疗。
有些患者发生肾积水可能是有器质性的肾脏病变，比如先天性肾脏畸形、肾脏的旋转异常、输尿管瓣膜症，这些疾病要进行泌尿系造影的检查。根据结果进行手术治疗。
还有其它多种导致肾积水的疾病，大多数疾病都可能需要手术治疗。