肛瘘在临床上几乎不可能自愈。肛瘘是由于肛周脓肿破溃或者切开引流后所产生的后遗症是肛周脓肿的后时期，其与肛周脓肿其实是同一疾病的两个不同阶段而已。
肛瘘都需要行手术治疗才能完全治愈，肛瘘有三个要素：
第一，外口：肛门周围会有炎性的肉芽肿外口，挤压会有反复的流脓。
第二，内口：在直肠内会有肛瘘的内口，是位于肛腺处。
第三，瘘管：内口与外口之间有肛瘘的瘘管，如果瘘管内局部感染时，就会出现肿痛、流脓的症状。
肛瘘的患者，应及时去医院就诊早期行手术治疗，以免反复的感染将单纯性的肛瘘变成复杂性的肛瘘，增加后期治疗的难度。