目前的研究认为，核磁共振对胎儿是没有什么影响的，它是一种相对安全的检查方式。
但是安全起见，建议孕妇在怀孕前三个月最好不要进行核磁共振检查。因为这个时候胎儿对噪音和热量会比较敏感，有可能会造成一定的影响。为了避免这种不利的情况发生，所以最好在妊娠三个月以后，如果需要做核磁共振检查，再进行相应的检测。
一般情况下，孕妇会选择做超声进行检查，但是有些特殊的情况，比如要判断胎儿颅内的结构发育是否有异常，或者是某些胎儿的先天性的发育异常，有可能会需要做核磁共振，这个时候医生会根据孕妇的具体情况来选择是否做。