女性生殖器衣原体感染的主要原因有：
第一，生育是女性衣原体感染的原因，孕妇患沙眼衣原体生殖道感染，新生儿经阴道分娩可染沙眼衣原体，患结膜炎及衣原体肺炎，沙眼衣原体女性生殖道感染临床以宫颈内膜炎最常见。
第二，性交传播是女性依然体感染的原因。在众多感染原因中性生活传播是最常见也是最多的传播途径之一，任何有性生活的人都可能会感染衣原体，作为一种最常见的性传播疾病，它可以感染所有年龄的人，女性感染部位在宫颈。
第三，手、眼、病人污染的衣物、器械等物的间接传染。由于沙眼衣原体感染的原因主要为性交，因此，如果有一个以上的性伴侣或者女性朋友在最近的3到6个月内有了新的性伴侣，就有可能会感染到衣原体。