扁桃体结石治疗方法有多种：小结石可用刮匙或钳子取出，个别的可用负压吸引取出。大结石在表面麻醉下切开黏膜取出，但需要防止结石坠入呼吸道。抗生素治疗，以达到清热解毒、消肿散结的目的。
对于顽固性的扁桃体结石、保守治疗效果不佳者，可以考虑行扁桃体切除术。
为了避免扁桃体结石的发生，平时注意饮食清淡，避免进食辛辣刺激性的食物。饭后漱口，防止食物残渣存留。每天正确上下刷牙，保持口腔卫生。适当加强体育锻炼，增强体质，增加身体的免疫力。