在通常情况下，肛拭子的采样并不会导致患者出现便秘，因为肛拭子的采样过程时间非常短，通常持续十秒钟左右。
这十秒钟是让患者进行侧卧位，双手分开臀部，暴露肛门采集者将采集的棉棒用生理盐水充分湿润，然后沿着直肠壁插入肛门，通常三到四公分即可，在肛门之内进行转圈，将其取出。
这种操作相对时间较快，时间较短，也不会对患者造成不良影响，或者导致便秘等情况发生。肛门拭子是通过采取直肠内的标本来检查患者是否有病原菌的一种方法，可以配合着口咽拭子和鼻咽拭子一起进行分析。