当肾囊肿的患者同时患有尿路结石时，是否可以进行体外冲击波碎石治疗，需要结合患者的具体病情来判断。
当肾囊肿的患者有同侧肾结石，而且肾囊肿较大时是不能行体外冲击波碎石治疗的。因为这种情况下可能会导致肾囊肿破裂，导致肾脏感染和出血，以及肾周围感染的发生。如果患者有较大的肾囊肿，伴有输尿管结石，且输尿管结石靠近肾脏，此时也不能行体外冲击波碎石治疗，此种情况也可能会导致肾囊肿破裂。
如果肾囊肿患者的尿路结石发生在输尿管下段或膀胱内，而肾囊肿较小，此时可以选择体外冲击波碎石，但是仍然有肾囊肿破裂的可能。术后应密切关注患者有无严重的出血或感染发生，一旦出现需要及时予以治疗。
建议患者到泌尿外科就诊，完善相关检查评估病情，谨慎决定是否可以行体外冲击波碎石治疗。