妊娠合并尿石症首先考虑采取保守治疗，一般保守治疗失败，再考虑外科治疗。
黄体酮和阿托品具有解除平滑肌痉挛的作用，可以舒缓输尿管的平滑肌，对胎儿无不良影响，可作为治疗妊娠合并肾绞痛的一线药物，采用排石的药物在妊娠期多禁止使用。中药排石也有泻下作用，易导致早产或流产，孕妇也是禁用的。
当保守治疗失败，输尿管结石引起顽固性肾绞痛的患者，可以考虑手术治疗。逆行输尿管插管的方法相对简单，易于开展，无需麻醉，对患者的创伤比较小。单纯输尿管插管，没有处理结石，距离预产期较远的患者，可以定期更换支架管，等到妊娠结束再处理尿路结石。